Гиллиан Флинн родилась в 1971 в Канзас-сити, штат Миссури. Мать Гиллиан преподавала словесность в университете, а отец был профессором истории кино. Закончила Канзасский университет со степенью бакалавра по английскому языку и журналистике.После двух лет работы в отраслевом журнале в Калифорнии переехала в Чикаго. Получила степень магистра по журналистике в Северо-Западном университете. Поняв, что не справится с профессией криминального репортёра, о которой мечтала, перебралась в Нью-Йорк и устроилась на работу в Entertainment Weekly, где проработала в итоге в течение 10 лет. Писательница признается, что в ее детстве было две страсти — литература и фильмы ужасов, что и стало, в итоге, основными составляющими ее успеха.
Сейчас проживает в Чикаго вместе с мужем и сыном.