Эннио Морриконе родился 10 ноября 1928 года в Риме, в семье профессионального джазового трубача Марио Морриконе и домохозяйки Либеры Ридольфи. Он был старшим из пяти детей. Когда Морриконе исполнилось 12 лет, он поступил в консерваторию Святой Чечилии в Риме, где его педагогом стал Гоффредо Петрасси. В консерватории Морриконе получил 3 диплома — по классу трубы (1946), инструментовке (1952) и композиции (1954).
Когда Морриконе исполнилось 16 лет, он занял место второй трубы в ансамбле Альберто Фламини, в котором прежде играл его отец. Вместе с ансамблем Морриконе подрабатывал, играя в ночных клубах и отелях Рима. Годом позже он устроился в театр, где проработал один год музыкантом, а потом три года композитором. В 1950 году начал аранжировать песни популярных композиторов для радио. Обработкой музыки для радио и концертов он занимался до 1960 года, а в 1960 году начал аранжировать музыку для телешоу.
Писать музыку к фильмам Морриконе начал лишь в 1961 году, когда ему было 33 года. Он начал со спагетти-вестернов — жанра, с которым теперь прочно ассоциируется его имя. Широкая известность пришла к нему после работы над фильмами его бывшего одноклассника — режиссёра Серджо Леоне. Позднее работал с крупнейшими кинорежиссёрами Италии — Бернардо Бертолуччи, Пьером Паоло Пазолини, Дарио Ардженто и многими другими.
С 1964 года Морриконе работал в звукозаписывающей компании «RCA», где аранжировал сотни песен, в том числе для таких знаменитостей, как Джанни Моранди, Марио Ланца, Миранда Мартино.
Прославившись в Европе, Морриконе был приглашён для работы в голливудском кинематографе. В США Морриконе написал музыку для фильмов таких известных режиссёров, как Роман Полански, Оливер Стоун, Брайан Де Пальма, Майк Николс, Джон Карпентер, Барри Левинсон, Терренс Малик и других.

Эннио Морриконе — один из самых известных композиторов современности и один из наиболее известных в мире композиторов кино. За свою долгую карьеру он написал музыку более чем к 400 фильмам и телесериалам Италии, Испании, Франции, Германии, России, США.
Как кинокомпозитор он был шесть раз номинирован на «Оскар», а в 2007 году получил «Оскар» за выдающийся вклад в кинематограф. Кроме того, в 1988 году за музыку к фильму «Неприкасаемые» он был удостоен премии «Грэмми». В 1996 году Морриконе вместе с фотографом Аугусто Де Лука получил премию «Города Рима» за книгу «Наш Рим».
Вопреки расхожему мнению, Морриконе создавал не только саундтреки, он писал и камерную инструментальную музыку, с которой в 1985 году совершил тур по Европе, лично дирижируя оркестром на концертах.
Дважды за свою карьеру Эннио Морриконе сам снимался в фильмах, к которым он писал музыку, а в 1995 году о нём был снят документальный фильм.
Американская группа «Metallica» начиная с конца 1980-х годов каждый концерт открывает композицией Морриконе The Ecstasy Of Gold из классического вестерна «Хороший, плохой, злой». В 1999 году она была сыграна в проекте S&M впервые в живом исполнении (кавер-версия).
6 декабря 2012 года Морриконе открыл своё юбилейное турне совместным концертом с SOFIA Symphony Orchestra на сцене Государственного Кремлёвского Дворца.
В 2013 году Морриконе принял решение праздновать свой 85-летний юбилей в рамках европейского тура с SOFIA Symphony Orchestra. Открыл тур грандиозный концерт в Москве в «Крокус-Сити Холл» 13 и 14 ноября.
В 2014 году Морриконе стал почётным председателем I Международного конкурса авторского музыкального видео «Медиамузыка». Финал конкурса состоялся 1 марта 2015 года в Москве.
В 2016 году Морриконе получил второй «Оскар» за музыку к фильму «Омерзительная восьмёрка».