Дебютное детское стихотворение «Морской Бой» опубликовал в журнале «Затейник» в 1947-м году. Произведения Заходера регулярно печатались в популярном детском журнале «Мурзилка», а также в молодежной публицистической газете под названием «Пионерская Правда». С середины 50-х стал активно выпускать сборники стихотворений: «На Задней Парте», «Мартышкино Завтра», «Товарищам Детям», «Считалия», «Моя Вообразилия» и многие другие детские книги.
Основной темой Бориса, проходящей через все его произведения, стал удивительный сказочный мир животных, в котором каждому из обитателей фауны приписывались свои черты и индивидуальные характеры, свойственные только им. К примеру, всегда положительными и яркими персонажами были кенгурята, хорьки, верблюды, страусы, которые зачастую вызывали умиление. Отрицательными персонажами с глупыми, невежественными чертами и самолюбием были кабаны, попугаи, павлины, носороги. Как и у большинства детских писателей, у Заходера были и выдуманные герои-животные, как Южный Ктототам или забавный Рапунок.
В повестях и стихотворениях молдавского писателя звери совершают разные поступки, свойственные людям: плохие и хорошие, добрые и злые, они общаются и спорят, ругаются и мирятся, просят о защите и справедливости, предают друзей и защищают свой дом. Безусловно, под маской каждого животного скрывается отдельная типичная человеческая личность, которая наполнена своими чертами и характерами.
Вся проза Заходера наполнена скрытым глубоким смыслом, который становится понятным только со временем, как, например, превращение некрасивой гусеницы в прекрасную бабочку в реалии предполагает метафорический смысл: дорогу к нахождению собственного истинного «Я». И произведений с такими подоплеками множество: «Мартышкино Завтра», «Серая Звездочка», «История Гусеницы», «Добрый Носорог», «Русачок» и прочие. Даже по названию этих книг-сказок можно сделать определенные выводы.
Что касается стихотворений автора, то они были наполнены теплом, доброжелательностью, «мягким» юмором, удивительной словесной игрой, что стало главной отличительной чертой поэта. Его сборник стихов об одноклассниках Вове и Пете, которые слыли по всей школе непоседами и озорниками, показывает на «дурном» примере как не следует себя вести и что не нужно делать, за юмористическими четверостишиями скрываются истинные уроки и поучения, которые понятны даже первоклассникам.
Помимо писательской деятельности, Заходер прославился и как переводчик. Именно он первым взялся переводить зарубежную детскую литературу: «Винни-Пух», «Мэри Поппинс», «Питер Пэн», сказки братьев Гримм и многие другие мировые шедевры. В конце 70-х Борис стал писать взрослые сатирические стихи, отличающиеся остротой и свежестью мысли, а также сценарии пьес для театра, как «Мэри Поппинс», «Ростик», «Крылья Дюймовочки» и другие.
За время жизни писатель широко котировался за пределами СССР и прославился за рубежом как детский классицист «серебряного века».
Скончался в ноябре 2000-го года в Москве.
