Антон Шипулин родился в спортивной семье. Его родители — Владимир Иванович и Алла Абушаевна Шипулины — мастера спорта по лыжным гонкам и биатлону, поэтому спортом Антон как и его старшая сестра Анастасия начал заниматься с ранних лет. Сначала он под руководством своего отца занимался лыжными гонками, но, увидев однажды винтовку у занимающейся биатлоном старшей сестры, загорелся идеей попробовать свои силы в биатлоне. Тогда в 2002 году родители устроили сына в СДЮШОР Ханты-Мансийска к работавшему в то время со Светланой Слепцовой тренеру Михаилу Новикову, под руководством которого 15-летний Антон и начал свой путь в биатлоне.
Через 2 года в 2004 году юный биатлонист вернулся в родную Тюмень и поступил в Тюменский юридический институт. Одержав 2 победы на Европейском юношеском фестивале, Антон обратил на себя внимание Владимира Путрова, тренера олимпийских чемпионов Юрия Кашкарова, Евгения Редькина и Александра Попова. Получив от Путрова В. М. предложение о сотрудничестве, в 2006 году Шипулин переехал к нему в Екатеринбург. Первую победу Антон одержал в составе эстафеты на Чемпионате мира 2006 года в американском Преск-Айле. Годом позже, в итальянском Валь-Мартелло он стал серебряным призёром в индивидуальной гонке открыв счёт личным победам на международном уровне. На Чемпионате Европы 2007 юный биатлонист выиграл полный комплект наград: серебро в спринте, бронзу в преследовании и золото в эстафете. 2008 год стал для талантливого юниора в прямом смысле этого слова золотым. На Чемпионате мира в Рупольдинге Антон первенствовал в спринте и преследовании, выдав феноменальную серию из шести подряд рубежей на ноль. Вместе с товарищами по команде Дмитрием Блиновым, Павлом Магазеевым, Виктором Васильевым Антон праздновал победу и в эстафете. В индивидуальной гонке Антон допустил промах и стал серебряным призёром. Ему не хватило лишь 0,6 секунды, чтобы повторить вечный рекорд немца Фабиана Мунда, выигравшего 4 золотых медали в 2000 году. Но и без того три золота и одно серебро — лучшее в истории достижение для российских юниоров. Из отечественных спортсменов три золота последний раз завоевывал Сергей Чепиков в 1987 году. В том же 2008 году Антон стал абсолютным чемпионом Европы, выиграв все 3 личные гонки и эстафету.
К сезону 2008—2009 Антон готовился в составе сборной России под руководством В. А. Аликина. По результатам контрольных тренировок тренерский штаб принял решение, что сезон Антон начнёт со стартов в Кубке IBU. 20 декабря 2008 год а в Мартель-валь-Мартелло в гонке преследования, стартовав с 18-й позиции с отставанием от лидера +2:07.0 сек., спортсмен смог замкнуть тройку призёров. В 2009 году В. А. Аликин вызвал Шипулина на январские этапы Кубка мира. В Оберхофе 10 января 2009 года Антон дебютировал в спринте и показал 72-е время. Следующим стартом в Кубке мира стала спринтерская гонка в Рупольдинге, где Антон на финише опять был 72-м. Невысокие результаты дебютанта Кубка мира были не только следствием перенесённого простудного заболевания, но и прежде всего обусловлены тем, что молодой организм не успел восстановиться после чрезмерных нагрузок во время сборов в национальной команде. Тогда тренерский штаб принял решение, что Антон не поедет на Чемпионат Мира 2009 в Пхёнчхан, а будет готовиться со своим личным тренером к Чемпионату Европы. Став в Уфе бронзовым призёром чемпионата Европы в спринте и эстафете, биатлонист опять получил право стартовать на этапах Кубка мира. Первые очки в зачёт Кубка мира Шипулин А. заработал в гонке преследования по итогам которой стал 29-м. С 12 заработанными в преследовании очками спортсмен завершил сезон на 93 месте общего зачёта Кубка мира.
Олимпийский сезон 2009—2010 Шипулин провел достаточно уверенно, прежде всего это касалось стрельбы в которой Антон преуспел до того, что стал лучшим снайпером в команде. На одном из этапов Кубка Мира лишь 0,1 секунды отделила его от первого подиума. На сей раз Шипулин прочно занял свое место в основной сборной. Позже он вошел в состав олимпийской сборной России по биатлону на Игры-2010 в Ванкувере, где в составе мужской эстафеты завоевал бронзовую медаль. Во всех личных гонках Ванкувера (за исключением индивидуальной гонки (36-е место) он занял места в первой 30-ке. С 2010 года обучается в магистратуре Института физической культуры, спорта и молодежной политики Уральского федерального университета.
