Григорий Чхартишвили родился в семье офицера-артиллериста Шалвы Чхартишвили и учительницы русского языка и литературы Берты Исааковны Бразинской (1921—2007). В 1958 году семья переехала в Москву. В 1973 году окончил школу № 36 с углубленным изучением английского языка, а в 1978 году — историко-филологическое отделение Института стран Азии и Африки (МГУ), получил диплом историка-японоведа.
Занимался литературным переводом с японского и английского языков. В переводе Чхартишвили изданы японские авторы Мисима Юкио, Кэндзи Маруяма, Ясуси Иноуэ, Масахико Симада, Кобо Абэ, Синъити Хоси, Такэси Кайко, Сёхэй Оока, а также представители американской и английской литературы (Т. Корагессан Бойл, Малкольм Брэдбери, Питер Устинов и др.).
Работал заместителем главного редактора журнала «Иностранная литература» (1994—2000), главный редактор 20-томной «Антологии японской литературы», председатель правления мегапроекта «Пушкинская библиотека» (Фонд Сороса).
С 1998 года пишет художественную прозу под псевдонимом «Б. Акунин». Расшифровка «Б» как «Борис» появилась через несколько лет, когда у писателя стали часто брать интервью. Японское слово «акунин» (яп. 悪人), по словам одного из литературных героев Чхартишвили (в романе «Алмазная колесница»), переводится как «негодяй, злодей». Критические и документальные работы публикует под своим настоящим именем.
Помимо принёсших ему известность романов и повестей из серии «Новый детектив» («Приключения Эраста Фандорина»), Акунин создал серии «Провинциальный детектив» («Приключения сестры Пелагии»), «Приключения магистра», «Жанры» и был составителем серии «Лекарство от скуки».
В 2000 году Акунин был номинирован на премию «Букер — Smirnoff» за роман «Коронация, или Последний из Романов», однако не попал в число финалистов. При этом в том же году был номинирован и стал лауреатом премии «Антибукер» с «Коронацией».
В 2003 году роман «Азазель» попал в шорт-лист Британской Ассоциации писателей-криминалистов в разделе «Золотой кинжал».
В 2005 году награждён почётной грамотой МИД Японии. Грамота вручена за вклад в углубление российско-японских отношений. Поводом к награждению послужило 150-летие установления межгосударственных отношений между Японией и Россией.
29 апреля 2009 года стал кавалером ордена Восходящего солнца четвёртой степени. Награждение состоялось 20 мая в посольстве Японии в Москве.
10 августа 2009 года за вклад в развитие культурных связей между Россией и Японией присуждена премия действующего под эгидой правительства Японского фонда.

Под псевдонимом Борис Акунин
В скобках даны годы, в которых происходит действие книги

Новый детектив (приключения Эраста Фандорина)
1998 — Азазель (1876 год)
1998 — Турецкий гамбит (1877 год)
1998 — Левиафан (1878 год)
1998 — Смерть Ахиллеса (1882 год)
1999 — Пиковый валет (сборник «Особые поручения») (1886 год)
1999 — Декоратор (сборник «Особые поручения») (1889 год)
1999 — Статский советник (1891 год)
2000 — Коронация, или Последний из романов (1896 год)
2001 — Любовница смерти (1900 год)
2001 — Любовник смерти (1900 год)
2003 — Алмазная колесница (1878 и 1905 годы)
2007 — Нефритовые чётки (Ремейки классических детективов) (1881—1900 годы)
2009 — Весь мир театр (1911 год)
2012 — Чёрный город (1914 год)

Провинциальный детектив (приключения сестры Пелагии)
2000 — Пелагия и белый бульдог
2001 — Пелагия и чёрный монах
2003 — Пелагия и красный петух

Приключения магистра (в цикле действуют потомки и предки Эраста Фандорина)
2000 — Алтын-толобас (1995, 1675—1676 годы)
2002 — Внеклассное чтение (2000, 1795 годы)
2006 — Ф. М. (2005, 1865 годы)
2009 — Сокол и Ласточка (2009, 1702 годы)

Жанры (в цикле иногда действуют потомки, предки и родственники Эраста Фандорина)
2005 — Детская книга для мальчиков (2006, 1914, 1605—1606 годы, будущее)
2005 — Шпионский роман (1941 год)
2005 — Фантастика (1980—1991 годы)
2008 — Квест (1930, 1812 годы)
2012 — Детская книга для девочек (в соавторстве с Глорией Му) (2006, 1914 годы)

Смерть на брудершафт
2007 — Младенец и чёрт, Мука разбитого сердца (1914 год)
2008 — Летающий слон, Дети Луны (1915 год)
2009 — Странный человек, Гром победы, раздавайся! (1915, 1916 годы)
2010 — «Мария», Мария…, Ничего святого (1916 год)
2011 — Операция «Транзит», Батальон ангелов (1917 год)

Пьесы
2000 — Чайка
2002 — Комедия/Трагедия
2006 — Инь и Ян (с участием Эраста Фандорина)

Любовь к истории (серия книг)
2011 — Фото как хокку
2011 — Любовь к истории
2013 — Самый страшный злодей и другие сюжеты
2013 — Настоящая принцесса и другие сюжеты

Отдельные книги
2000 — Сказки для Идиотов

Совместное творчество Б. Акунина и Г. Чхартишвили
2004 — Кладбищенские истории (в одном из рассказов действует Фандорин)
2012 — Аристономия