Поздней ночью Гарри просыпается из-за странного звука. К своему удивлению мальчик видит за окном зависший старый Фордик «Англия», из окон которого высовываются лица братьев Уизли: Рона, Фреда и Джорджа. Школьный приятель спасает Гарри и друзья отправляются в Нору. Уже дома на всех мальчиков, кроме Гарри, обрушивается волна гнева матери.
Спустя несколько дней друзья едут в Косой переулок, где встречают Гермиону. В книжном магазине проходит презентация очередной книги Локонса, мага, который должен стать вторым по счёту преподавателем Защиты от Тёмных искусств в Хогвартсе. Во время презентации Люциус Малфой подсовывает в учебники Джинни Уизли дневник Реддла, этого никто не замечает.
Начинается новый учебный год, все проходят через портал на платформу 9¾, чтобы сесть на поезд, но Гарри и Рону по непонятной причине не удаётся этого сделать. Опоздав таким образом на поезд, они крадут автомобиль отца Рона и летят вдоль железной дороги в школу. Машина попадает в Гремучую иву, оживает и, «выплюнув» пассажиров и их вещи, уезжает в лес. Ребят ловит профессор Снегг и говорит, что если бы они учились на его факультете, он бы выкинул их из школы, но декан Гриффиндора профессор Макгонагалл не намерена этого делать.
Рон получил письмо, о котором Финниган сказал «Уизли получил кричалку». Как оказалась, это кричащее письмо от миссис Уизли, которое при всех кричит на Рональда, за то что тот угнал папину машину и чуть не был исключен из школы.
В Хогвартсе опять происходят странные вещи. Отрабатывая наказание у Локонса, Гарри слышит голос, который зовет к себе говорит об убийстве. Никто, кроме Поттера, этот голос не слышит. Гермиона считает, что лучше об этом никому не говорить, так как даже в магическом мире слышать то, чего не слышат другие — плохой признак. Гарри и даже висевший рядом портрет соглашаются, но голос приводит их на место, залитое водой, где на канделябре висит оцепеневшая кошка Филча Миссис Норрис, а на стене — кровавая надпись, говорящая о том, что открыта некая «Тайная комната», и врагам наследника нужно этого бояться. Ребята в ужасе и недоумении. На уроке Гермиона спрашивает у Макгонагалл, что такое «Тайная комната». Профессор неохотно рассказывает, что Салазар Слизерин — родоначальник факультета Слизерин, всегда был за то, чтобы в школе учились только чистокровные волшебники, но другие маги с ним не согласились. В конце концов Салазар ушёл, но, по легенде, оставил в Хогвартсе комнату, которую однажды должен открыть его наследник и избавиться от полукровок в школе. Легенда гласит, что в этой комнате находится чудовище, которым может управлять только наследник Слизерина. Также профессор говорит, что комната уже однажды открывалась, и тогда была убита ученица Хогвартса.
Гарри, Рон и Гермиона сразу начинают подозревать Драко Малфоя, так как тот всегда высказывался против полукровок. Они считают, что комнату мог открыть Люциус Малфой (когда он учился в школе), а потом рассказать своему сыну как это сделать. Гермиона предлагает сварить зелье, которое позволит Гарри и Рону принять облик Крэбба и Гойла. Ребята соглашаются. Местом для варки «запрещённого» зелья становится женский туалет, в котором живет призрак Плакса Миртл. Усыпив Крэбба и Гойла при помощи кексов с сонным зельем, Гарри и Рон берут их волосы и, добавив в зелье, сваренное Гермионой, превращаются в друзей Малфоя. Гермионе не везёт: вместо волоса Милисенты Булстроуд из Слизерина ей попался волос её кошки, и она превращается в получеловека-полуживотное. Гарри и Рон приходят к Драко и пытаются выпытать, кто открывает комнату, но, к их удивлению, оказывается, что Малфой ничего не знает, а комнату открывали и закрывали еще до того как его отец поступил в Хогвартс.
Локонс открывает в школе «клуб дуэлянтов», призванный показать ученикам, как нужно защищаться, если на них кто-то нападёт. Локонс выступает против Снегга (согласившегося стать его ассистентом), и становится понятно, что он абсолютный профан в этом деле. Снегг предлагает устроить дуэль между учениками. Локонс выставляет Гарри, Снегг — Малфоя. Ребята равны по силе, но Драко выпускает из палочки змею. Змея хочет напасть на ученика, но Гарри начинает с ней говорить и змея успокаивается. Так все узнают, что Гарри — змееуст. Гермиона объясняет Поттеру, что считается, что способность говорить со змеями связана с тёмной магией. Очень многие ученики школы начинают считать, что именно Гарри Поттер является наследником Слизерина.
Тем временем жертвами неизвестного становятся привидение Почти Безголовый Ник и ещё один ученик (Джастин Финч-Флетчли), а Гарри снова оказывается на месте преступления. Дамблдор приглашает Гарри к себе в кабинет и спрашивает его, не хочет ли тот ему что-то сказать, но Гарри боится признаться Дамблдору в своих страхах и ничего не говорит.
Вскоре Гарри находит в туалете Миртл странную книгу, на которой написано, что это собственность некоего Тома Реддла. Дневник показывает Гарри воспоминание молодого Реддла про Тайную комнату. По этому видению получается, что комнату полвека назад открывал Хагрид. Гарри не верит этому. Вместе с Роном он идет в дом Хагрида, но того неожиданно забирают в Азкабан, т.к Министерство считает что это он опять открыл комнату. Он лишь успевает намекнуть друзьям, что всё было ошибкой, и если ребята хотят узнать все подробнее, то пусть идут за пауками. Действительно, по непонятной причине из школы бегут пауки: в запретный лес тянется их цепочка. Гарри и Рон идут за пауками и встречаются с Арагогом- огромным черным пауком. Арагог говорит, что он — тот монстр, которого воспитывал Хагрид, но он — не чудовище Слизерина, и лесничий никогда не открывал Тайную комнату. Настоящее же чудовище скрывается в замке, и пауки боятся его так, что даже не произносят его имени.
Дневник, который нашёл Гарри в туалете, пропадает из его комнаты. Гермиона говорит, что это мог сделать только кто-то из Гриффиндора, так как прочие не знают пароля гостинной.
Жертвой неизвестного существа становится Колин Криви, а позже сама Гермиона, которая возвращалась из библиотеки. Ребята находят в её кулаке листок, на котором описывается василиск (гигантская змея). Друзья понимают, что это и есть чудовище Тайной комнаты. Тем временем, на стене рядом с туалетом девочек появляется надпись, что в Тайной комнате находится ученик школы, и он останется там навечно. Случайно подслушав разговорор учителей они понимают, что василиск утащил Джинни Уизли. Школу должны закрыть, но ребята, расспросив Миртл, понимают, где находится вход в комнату. Они зовут Локонса, который пытается сбежать из школы, и вместе с трусливым профессором спускаются в комнату, где находят сброшенную гигантскую змеиную шкуру. Там Локонс неожиданно нападает на детей и пытается применить единственное заклятие, которое он знает хорошо — заклинание Забвения, — но палочка Рона, которой воспользовался профессор, неисправна, поэтому память стирается у самого Локонса. Более того, рушится стена, и Гарри с Роном оказываются по разные стороны от обвала.
Гарри бежит по трубам и при помощи своего знания змеиного языка проходит в зал, в котором лежит без сознания Джинни. Рядом с ней лежит дневник. Из тени выходит Том Реддл и берет палочку Гарри, которую тот бросил на пол, подбегая к сестре Рона. Гарри требует отдать ему палочку, но Том отказывается. Реддл показывает Гарри, что он — Волан-де-Морт, запечатлевший свои воспоминания в дневнике ещё когда он учился в школе. Том говорит, что, когда Джинни умрет, он станет вновь телесным, а не просто воспоминанием, так как дневник отнимает силы сестры Рона. После этого он выпускает василиска.
Гарри сражается с василиском, в чем ему помогает феникс Фоукс, который выклёвывает глаза василиска (их взгляд несёт смерть) и приносит Распределяющую Шляпу, из которой появляется меч Гриффиндора. Мечом Гарри побеждает василиска и при помощи его зуба уничтожает дневник Реддла. Василиск успел укусить его своим ядовитым клыком, но слезы Фоукса заживляют рану. Джинни приходит в себя. Все вместе ребята улетают из Тайной комнаты на хвосте феникса.
Гарри приходит к Дамблдору в кабинет, там же появляется Люциус Малфой со своим домовым эльфом Добби. Гарри, догадавшийся, что именно Люциус подкинул Джинни дневник, бежит за Малфоем и отдает дневник ему. Люциус передает дневник Добби, тот берет носок, заложенный между страницами дневника, и оказывается свободным. Домовой эльф освобожден, он готов сделать для Гарри всё, что он пожелает, но тот просит больше никогда не пытаться спасти ему жизнь.
Все пострадавшие от василиска были вылечены при помощи корня мандрагоры, Хагрид был оправдан и вернулся в Хогвартс уже в качестве преподавателя.
После титров показан Косой переулок — на витрине размещена книга Златопуста Локонса. На обложке он изображен в смирительной рубашке. Заголовок гласит: «Кто я?».

. Артур Уизли, отец Рона и сотрудник Министерства просит не искать Сириуса, Гарри недоумевает: «зачем искать того, кто хочет тебя убить».
В поезде друзья садятся в купе, где спит новый учитель по защите от сил зла (Римус Люпин) и обсуждают побег Сириуса Блэка. Но, не доехав до школы, поезд останавливается, вдруг становится очень холодно, кто-то идет по коридору, а когда дверь в купе открывается, все внутри видят страшное существо в чёрной робе — дементора. Гарри чудится женский крик, он падает в обморок. Профессор Люпин просыпается и заклинанием Патронус выгоняет из купе дементора.
Приехав в Хогвартс, Гарри, Рон и Гермиона узнают, что их школу окружили дементоры, которые ищут Сириуса Блэка. Гарри просит Люпина научить его заклинанию против дементоров. Люпин соглашается проводить тренировки, но в полнолуние он почему-то увиливает от них.
Уроки по уходу за магическими существами ведет теперь Хагрид, этим недовольны слизеринцы, особенно Драко Малфой. На первом уроке Хагрид знакомит детей с гиппогрифом Клювокрылом, который требует к себе большого уважения (перед тем, как подойти к нему, нужно поклониться). У Гарри это получается, гиппогриф кланяется в ответ. Драко Малфой же, из-за своего нежелания кланяться перед животным, получает от гиппогрифа травму руки и жалуется отцу. В результате Клювокрыла собираются казнить.
Во время зимней прогулки по Хогсмиду, Гарри проходит под плащом-невидимкой в бар мадам Розмерты и узнает, что разыскиваемый Сириус Блэк — его крёстный, и он был лучшим другом отца Гарри — Джеймса. Считается, что он предал родителей Гарри, когда они прятались от Волан-де-Морта, также убил Питера Петтигрю, ещё одного друга семьи Поттеров. Гарри хочет найти Сириуса и заставить ответить за предательство и смерть родителей. Но однажды, глядя на карту Мародёров, подаренную Гарри братьями Уизли, Гарри видит, что по Хоргвартсу идет Питер Петтигрю. Поттер выходит из комнаты, но, несмотря на то, что по карте он должен был столкнуться с Питером, Гарри не видит его, а из-за поворота вдруг появляется профессор Снегг. На помощь мальчику приходит Люпин, он взял карту, которую пытался раскрыть Снегг, и сказал, что сам её изучит, а также попросил Гарри зайти к нему в кабинет. В кабинете Люпин отчитывает Гарри за безрассудство и забирает у него карту. Гарри сообщает Люпину, что карта иногда врёт, показывает людей, которые уже давно умерли, к примеру Питера Петтигрю. Люпин удивлён, ведь он знает, что карта никогда не врёт, ведь он является одним из ее создателей.
В день назначенной казни гиппогрифа Гарри, Рон и Гермиона идут к Хагриду, чтобы поддержать его. Они разговаривают, Хагрид возвращает Рону его пропавшую недавно крысу, но вдруг кто-то бросает в окно камешек. Друзья выглядывают в окно и видят, что к дому Хагрида уже идут Фадж, Дамблдор и палач. Ребята выбегают из дома и идут к Хогвартсу. По пути крыса вдруг кусает Рона и убегает, он бежит за ней, ловит, и тут на него нападает чёрный пес и тащит к Гремучей иве, в корнях которой оказывается секретный вход. Гермиона и Гарри бегут за Роном и собакой. Тоннель приводит их в Визжащую хижину, которая, по преданию, населена призраками. Призраков здесь нет, зато в углу стоит Сириус Блэк. Гарри полностью уверен, что Сириус — предатель, он наставляет на него палочку, но в комнату входит Люпин, а за ним вскоре — Снегг. После напряженной сцены, завершившейся тем, что Снегга лишают сознания, Блэк и Люпин объясняют Гарри, что Сириус не предавал родителей Поттера — это сделал Питер, анимаг, умеющий превращаться в крысу. Оказывается, крыса Рона — и есть Петтигрю. Гарри уговаривает Сириуса не убивать Питера, так как этот человек — единственное доказательство его невиновности.
Все выходят из хижины. Сириус предлагает Гарри стать его опекуном и жить вместе с ним. Но тут восходит полная луна и профессор Люпин превращается в оборотня. Питер превращается в крысу и сбегает. Сириус превращается в собаку и борется со своим другом. Люпин более силён, но из леса доносится вой, и оборотень убегает. Гарри идет за Сириусом, который падает без сознания на берегу озера. Появляются дементоры. Гарри пытается использовать заклинание Патронус, но теряет силы. На другом берегу озера кто-то удачно применил заклинание, белый олень разгоняет дементоров. Гарри теряет сознание.
Через несколько часов Гарри приходит в себя на больничной койке. От друзей и Дамблдора он узнаёт, что Сириус заточен в башне и ожидает казни. Питер бежал, а значит, доказательств невиновности Сириуса нет. Дамблдор говорит, что когда его что-то не устраивает в ходе событий, он возвращается назад. Гермиона принимает совет, у неё есть устройство (маховик времени), которое дала ей профессор Макгонагалл, чтобы девочка могла присутствовать на некоторых занятиях, идущих в одно и то же время. Гарри и Гермиона перемещаются во времени и спасают гиппогрифа и Сириуса. Единственное, что расстраивает Гарри — он не сможет жить с крёстным, ему придётся возвращаться к дяде с тетей.
После всех произошедших событий Люпин увольняется из школы, потому что не хочет, чтобы родители детей узнали о том, что в Хогвартсе преподаёт оборотень. Он возвращает Гарри карту Мародёров.
Финальные сцены происходят в Большом зале и перед входом в Хогвартс, когда Сириус подарил Гарри метлу «Молния», и Гарри взлетает на ней в воздух.

Тут же его находят Рон и Гермиона. Почти сразу их окружают маги, только что трансгрессировшие сюда и, считая что поймали пожирателей, пытаются их обезвредить. Отец Рона вовремя успел их остановить.
Гарри с друзьями уезжает в Хогвартс, там они знакомятся с новым учителем — профессором Грюмом. Профессор Дамблдор сообщает, что в нынешнем году в Хогвартсе будет проходить турнир трёх волшебников — состязание, где три мага проходят три испытания, и победивший получает награду. Приезжают ученики из двух других школ магии, Шармбатона и Дурмстранга, под руководством своих директоров — Мадам Максим и Игоря Каркарова. Каждый из учеников кидает в Кубок огня записку со своим именем. При этом тот, кого выберет Кубок, будет обязан участвовать в турнире под страхом смерти. К турниру допускаются те, кто уже достиг 17 лет, поэтому Кубок огня окружён магической защитой, реагирующей на возраст. Близнецы Уизли, попытавшись обмануть Кубок с помощью зелья старения, терпят фиаско. Гарри, хоть ему и хочется поучаствовать в турнире, даже не пытается, так как ему лишь 14 лет.
Приходит день, когда нужно узнавать имена победителей. Из Дурмстранга участвует Виктор Крам, из Шармбатона — Флёр Делакур, из Хогвартса — Седрик Диггори… Но кубок выбрасывает четвертую записку — Гарри Поттер. Все ученики и профессора, включая Дамблдора, поражены. Гарри твердит, что не бросал своего имени в Кубок и не просил об этом никого из старших, но никто, кроме Дамблдора и Грюма, ему не верит; директора школ-гостей возмущены, но отменить решение Кубка Огня невозможно — теперь Гарри обязан участвовать в турнире. Ученики Хогвартса убеждены, что Гарри каким-то образом обошёл магическую защиту; гриффиндорцы в большинстве одобряют Гарри, но ученики других факультетов считают, что избалованный славой Гарри Поттер нашёл ещё один способ покрасоваться. Гарри становится объектом насмешек, особенно после того, как его фото появляется на страницах газет, а «жёлтый» репортёр Рита Скитер публикует о нём статьи, состоящие из пересказов слухов, комментариев его недоброжелателей и собственных фантазий Риты. Особенно Гарри угнетает размолвка с Роном: как и остальные, Рон не поверил Гарри, а в итоге обиделся, что лучший друг не пожелал поделиться с ним способом преодоления запрета.
Содержание первого испытания формально сохраняется в тайне. Но Хагрид просит Гарри последовать за ним вечером в лес под мантией невидимости; в результате Гарри узнаёт, что на испытании ему предстоит схватка с драконом. Мадам Максим и Каркаров тоже видели драконов, так что единственным, кто не предупреждён о содержании первого задания, оказывается Седрик. Гарри передаёт подсказку Седрику. Суть задания — украсть у дракона золотое яйцо. Видя, что Гарри не знает, как бороться с драконом, профессор Грюм намекает ему, что нужно использовать метлу. На испытании Гарри вызывает заклинанием метлу из Хогвартса, и летает вокруг дракона, пока тот не срывается с места и не гонится за ним. В итоге Гарри получает яйцо, его успех вызывает бурное ликование учеников Хогвартса, а, главное, Гарри мирится с Роном.
В яйце, по словам судей, находится подсказка о втором задании, но открытое яйцо лишь издаёт нестерпимо громкие визгливые звуки. Открыв яйцо под водой (Седрик вернул услугу, подсказав этот способ раскрытия послания), Гарри узнает о втором испытании — нужно будет в течение часа, плавая под водой, спасти что-то, что ему дорого. Поиски нужного рецепта в библиотеке ничего не дают — Гарри не знает, как дышать под водой. Невилл Долгопупс дает Гарри жабросли, благодаря которым у Гарри вырастают жабры и плавники. Приплыв к месту, где держат «самое дорогое» — этим оказываются друзья и родственники участников, — Гарри видит, что другие чемпионы ещё не приплыли. Немного погодя появляется Седрик Диггори и спасает Чжоу Чанг, потом приплыл Виктор Крам и спас Гермиону Грейнджер. Флёр Делакур все не плыла, и Гарри решил спасти не только Рона, но и сестру Флёр, в итоге придя последним. Гарри оказывается на втором месте.
В третьем испытании следует пройти лабиринт, полный ловушек, и первым взять кубок турнира трёх волшебников. Крам оказывается под заклятием Империус и нападает на Флёр, но почему-то не трогает Гарри. Пройдя лабиринт, Гарри встречается с Седриком Диггори. Они договариваются, что возьмут кубок вместе и оба будут победителями. Взявшись за кубок, они переносятся на какое-то кладбище (кубок оказывается порталом). К ним подходит Хвост и убивает Седрика. Питер Петтигрю начинает делать зелье Кости, Плоти и Крови.
Волан-де-Морт воскресает. Он призывает Пожирателей Смерти и вызывает Гарри на дуэль. Но палочки их в битве соединяются лучом. Гарри видит призраков своих погибших родителей и Седрика — они советуют ему, что делать. Изо всех сил разорвав луч, Гарри бежит к кубку и касается его, держась за тело Седрика Диггори, после чего оказывается в Хогвартсе. Гарри в истерике, он объявляет подбежавшим к нему Грюму и Дамблдору, что Седрика убил вернувшийся Волан-де-Морт. Публика в шоке, профессор Грюм, пользуясь всеобщим замешательством, уводит Гарри в свой кабинет. Там он случайно проговаривается, и Гарри понимает, что Грюм — сторонник Волан-де-Морта. Ворвавшиеся преподаватели Хогвартса во главе с Дамблдором задерживают Грюма, которым оказывается Пожиратель Смерти, сын министерского начальника, Барти Крауч-младший.
В Хогвартсе траур, и Седрика оплакивают. Дамблдор, выступая перед учениками, прямо говорит о воскрешении Волан-де-Морта и о том, что Седрик погиб по вине Тёмного Лорда.

Дома к Гарри приходит письмо о его исключении за использование волшебства.
Вечером Гарри вызволяет из беды отряд волшебников, среди которых Люпин, Грюм, Тонкс и другие. Они прилетают на площадь Гриммо, где устроилась семья Уизли вместе с Гермионой.
Следующим днём Гарри с мистером Уизли приходят в Министерство Магии на слушание. Министр и его приспешники пытаются исключить Гарри Поттера из Хогвартса, обвинив в незаконном использовании магии несовершеннолетним. Объяснения Гарри о том, что на него с кузеном напал дементор, никто не слушает. Лишь с помощью Альбуса Дамблдора Гарри удается избежать исключения.
Гарри проводит свой пятый год обучения в школе Хогвартс и обнаруживает, что многие ученики и члены Министерства Магии отрицают сам факт недавнего состязания юного волшебника с Волан-де-Мортом, делая вид, что не имеют ни малейшего представления о том, что злодей вернулся.
Опасаясь, что Альбус Дамблдор распространяет слухи о возвращении Волан-де-Морта, стремясь подорвать авторитет Министра Магии Корнелиуса Фаджа и в дальнейшем занять его место, Корнелиус назначает нового профессора защиты от тёмных искусств Долорес Амбридж, которая помимо этого ещё должна пристально следить за персоналом и студентами Хогвартса.
Но одобренный министерством курс лекций по защитной магии профессора Долорес Амбридж оказывается на практике абсолютно бесполезным — юные волшебники просто неспособны противостоять действию тёмных сил, угрожающих им и всему волшебному сообществу. И тогда Гарри по настоянию своих друзей Гермионы и Рона берёт инициативу в свои руки.
Тайно встречаясь с небольшой группой студентов, называющей себя Отрядом Дамблдора, Гарри обучает их самозащите от тёмных сил, готовя волшебников к схватке, которая ждёт их впереди.
В конце фильма Беллатриса убивает Сириуса Блэка, а Гарри Поттер узнает о загадочном пророчестве, касающемся его и Волан-де-Морта.

Драко Малфой становится Пожирателем смерти, вместо арестованного отца и получает от Тёмного Лорда задание: убить директора Хогвартса, Альбуса Дамблдора. Тем временем, Северус Снегг приносит Непреложный обет Нарциссе Малфой и клянётся помочь её сыну, Драко, в убийстве Дамблдора.
Чтобы выполнить «задание» Малфой пытается починить исчезательный шкаф в Выручай-комнате. И при этом несколько раз совершает покушение на жизнь Дамблдора; жертвой первого покушения оказывается Кэти Белл, а второго — Рон Уизли. Гарри подозревает Малфоя и их отношения накаляются до предела. Между ними происходит дуэль, в которой Гарри чуть не убивает Драко, но вовремя появляется Снегг и спасает Малфоя.
Тем временем Дамблдор ищет крестражи Волан-де-Морта, он демонстрирует Гарри свои воспоминания в Омуте Памяти, касающиеся Волан-де-Морта и просит его добыть одно воспоминание, которое Слизнорт скрыл от всех. Воспоминание касается того, как Том Реддл во время своей учёбы в Хогвартсе выведал у Горация Слизнорта сведения о крестражах, что в немалой степени поспособствовало превращению Тома Реддла в Волан-де-Морта.
Когда Гарри выполняет поручение Дамблдора, они вместе идут за предполагаемым крестражем, но только при условии, что Гарри будет беспрекословно подчиняться приказам.
Они направляются в пещеру, где по предположению Дамблдора находится крестраж. В пещере есть озеро, которое кишит инферналами, а посреди озера — крестраж, который можно добыть, только выпив зелье. Дамблдор с помощью Гарри выпивает зелье, и они забирают крестраж.
По возвращении в Хогвартс Дамблдор приказывает Гарри спрятаться и не обнаруживать себя. В башню врывается Драко Малфой и разоружает директора.
Вскоре после этого на башне появляются Пожиратели смерти, и Снегг убивает директора школы.
Позже Гарри выясняет, что крестраж, который доставался с большим трудом — фальшивка, и подменил его таинственный Р. А. Б.

Тем временем, мир волшебников становится опасным местом для всех врагов Волан-де-Морта. Война, которой так долго боялись, началась, и теперь Пожиратели Смерти контролируют Министерство магии и даже Хогвартс, терроризируя, запугивая и арестовывая всех, кто пытается им противостоять. Но одна «добыча», наиболее ценная для Волан-де-Морта, постоянно уходит у них из-под носа — это Гарри Поттер. Он, Избранный, превратился в самую желанную цель и самого разыскиваемого человека, ведь Пожиратели Смерти преследуют его повсюду, чтобы доставить Волан-де-Морту… живым.
Единственная надежда Гарри — найти Крестражи до того, как Волан-де-Морт найдёт его. По мере того, как он разматывает клубок загадок и тайн, он всё чаще сталкивается со старой, почти забытой сказкой — легендой о Дарах Смерти. Если эта легенда окажется правдой, она сможет дать Волан-де-Морту ту самую высшую власть, к которой он так стремится.
Гарри не догадывается, что его будущее было предопределено ещё в далёком прошлом, в тот трагический день, когда он стал «мальчиком, который выжил». И вот теперь, уже взрослый, Гарри всё ближе подходит к выполнению задания, к которому его готовили с того самого дня, когда он переступил порог Хогвартса: к последней, решающей битве с Волан-де-Мортом.
Одна из самых эмоциональных сцен фильма — смерть Добби на руках Гарри — Беллатриса Лестрейндж бросила в него кинжал. Гарри сам выкапывает могилу, чтобы похоронить эльфа. Гарри, Рон и Гермиона кладут туда домовика.
Последняя сцена фильма — в Хогвартсе, на маленьком острове у берега озера. Волан-де-Морт вскрывает гробницу Дамблдора, смотрит в его мёртвое лицо, забирает из его рук Бузинную палочку, найти которую так стремился, и выпускает в небо молнию.

По поведению Беллатрисы Гарри догадывается, что ещё один крестраж может храниться в банке Гринготтс, в сейфе Лестрейнджей. С помощью спасённого гоблина Крюкохвата главные герои проникают в банк, добывают крестраж, оказавшийся чашей Пенелопы Пуффендуй, и успешно скрываются. Гоблин, предавший их, в итоге гибнет, а меч Гриффиндора исчезает.
Следующий крестраж, предположительно, спрятан в Хогвартсе. Гарри, Рон и Гермиона трансгрессируют в Хогсмид, где брат покойного профессора Дамблдора Аберфорт укрывает их от облавы и помогает попасть в замок через тайный ход. Профессор Северус Снегг, новый директор школы, собирает всех в Большом зале и требует выдать Гарри. Гарри открыто бросает вызов профессору Снеггу, большинство учеников и учителей под руководством профессора Макгонагалл встают на его сторону, профессор Снегг бежит, слизеринцев запирают в подвале. Армия Волан-де-Морта собирается в Запретном лесу, ночью начинается бой. Тем временем Рон и Гермиона спускаются в Тайную комнату, отламывают клык василиска и уничтожают крестраж в чаше, а Гарри находит следующий крестраж — диадему Кандиды Когтевран, — в Выручай-комнате. Внезапно появляются Малфой, Гойл и Забини. Малфой намерен убить Гарри. Гойл вызывает Адское пламя, но оно выходит из-под контроля и пожирает всю Выручай-комнату, Гойл гибнет. Гарри успевает спасти Малфоя, а Рон — Забини. Они вылетают из Выручай-комнаты на мётлах. Гарри уничтожает диадему клыком василиска, а Рон пинком отправляет её в Адское пламя. Выручай-комната закрывается.
Битва за Хогвартс приостанавливается. Волан-де-Морт обещает никого больше не трогать, если Гарри сам явится к нему. Волан-де-Морт убивает Снегга, Гарри с друзьями, подоспевшие к умирающему профессору, собирают в пробирку его воспоминания. Во время битвы погибают Фред Уизли, Римус Люпин и Нимфадора Тонкс. Из воспоминаний Снегга Гарри узнаёт, что профессор Дамблдор был при смерти и профессор Снегг убил его по его же просьбе. Северус с детства безумно любил мать Гарри, Лили, поэтому он помогал профессору Дамблдору и по его просьбе охранял Гарри. Но в момент нападения на Поттеров Тёмный лорд случайно оставил часть своей души в Гарри (другими словами, Гарри сам является крестражем), и теперь, чтобы Волан-де-Морт стал уязвим, Гарри должен умереть от его руки. Именно к этому финалу профессор Дамблдор вёл Гарри.
Гарри прощается с друзьями и отправляется в Запретный лес. По дороге он достает снитч, завещанный профессором Дамблдором, открывает его и находит там Воскрешающий камень, получив возможность повидаться с родителями и умершими друзьями. Как только Гарри выходит на поляну, где расположился Волан-де-Морт, тот произносит умертвляющее заклинание, и Гарри падает на землю. Гарри приходит в себя в странном месте, залитом белым светом. Под белоснежной лавочкой он видит существо, похожее на уродливого младенца — ту часть души Волан-де-Морта, которая погибла вместе с ним. Гарри встречает профессора Дамблдора и в коротком разговоре с ним узнаёт, что дальнейшее может выбрать сам. В его силах «отправиться дальше», в своё посмертие, но при желании он может вернуться, и тем самым спасти многих людей. Он выбирает второе.
Гарри считают мёртвым. Схваченный Пожирателями Хагрид вместе с войском Волан-де-Морта несёт тело Гарри в Хогвартс, где их встречает толпа выживших. Лорд Волан-де-Морт предлагает прекратить сопротивление и перейти на его сторону. Раненый Невилл отвечает, что смерть Гарри не имеет значения — они будут драться до конца. Драко возвращается к матери и отцу. Невилл выхватывает из Распределяющей шляпы меч Гриффиндора, Гарри спрыгивает с рук Хагрида, вызвав ликование своих друзей и замешательство в рядах противника. Некоторые Пожиратели, в том числе Малфои, тут же бегут. Защитники Хогвартса бьются со сторонниками Волан-де-Морта, а сам он охотится за Поттером, тем временем, как Рон и Гермиона охотятся на змею. В ходе битвы Беллатриса чуть не убивает Джинни, за что с ней вступает в дуэль миссис Уизли, Молли уничтожает самую верную приспешницу Волан-де-Морта. Нагайну убивает мечом Гриффиндора Невилл, после чего Волан-де-Морт вступает в финальную дуэль с Гарри в полуразрушенном дворе. В решающий момент Бузинная палочка отказывается убивать Гарри Поттера. Заклинания обоих противников бьют в Волан-де-Морта, и он рассыпается в пепел.
Бузинная палочка достается Гарри, и он уничтожает её.
В конце фильма представлена сцена «19 лет спустя», где Гарри, Рон, Гермиона, Джинни и Драко уже взрослые и отправляют своих детей в Хогвартс.