Группа была сформирована в 1999 году вокалистом Джейсоном Арнольдом и клавишником Марком Нубаром. Первоначально Hypnogaja являлась электронным проектом, с которым ещё сотрудничал клавишник Шон Брукс.

К 2000 году к группе присоединились басист, гитарист и барабанщик, и Hypnogaja стала полноценной группой, углубившись уже в рок с небольшими элементами хип-хопа. Постепенно группа приобщилась и к концертной деятельности в США и Канаде, успев выступить с Shinedown, Saliva, 311, Cold и многими другими.

Первый альбом Revolution звучит в стилях электро и фанк. Далее же, по мере включения новых участников в коллектив, звучание группы существенно тяжелеет. 16 февраля 2002 года выходит новый альбом «Post-Hypnotic Stress Disorder». Одна из песен с него, «Outside, Looking In», будет включена в фильм Carrie, ремейка фильма Брайана Де Пальмы, основанного на романе классика Стивена Кинга.

В 2003 выйдет альбом Kill Switch. Саунд группы станет ещё мощнее и тяжелее, популярность существенно возрастет — на Amazon.com по состоянию на 2010 год альбом будет раскуплен тиражом в 133658 копий.

24 мая 2005 года поступит в продажу альбом Below Sunset, ставший самым популярным релизом группы. Суперхитом станет композиция «Here Comes the Rain Again», являющаяся кавером на одноименную песню Eurythmics.Некоторые композиции попадут в саундтреки — «Looking Glass» в фильм Алиса в Стране чудес, «They Don’t Care» в видеоигру FlatOut: Ultimate Carnage.

30 июня выйдет пятый студийный альбом группы — Truth Decay, ставший первой концептуальной работой Hypnogaja. Пластинка будет иметь футуристическую склонность и навеяна стилистикой групп 70х и 80х годов — таких, как Blondie и Queen. Альбом получит положительные отзывы — Outburn Magazine поставит ему 9 из 10, другие отзовутся не менее положительно.

19 ноября 2009 группа была номинирована Hollywood Music как «лучший альтернативный артист» и одержала победу. На церемонии награждения Hypnogaja исполнила песню «Welcome To The Future».