Ранние годы
Родился 22 июля 1966 года в Заокском районе Тульской области, в доме отдыха «Поленово», где в то время работал главным врачом его отец. Отец — Иван Иванович Охлобыстин (1906—1994), военный врач, участник Великой Отечественной войны. Мать — Альбина Ивановна Беляева, 1945 года рождения, инженер-экономист.
«Мой папа жил в постоянных разъездах и за всё время лишь однажды принял участие в моём воспитании. Мама — а она всё выражает бурно, сицилийская женщина такая — долго вдалбливала ему в мозг, что у меня плохие оценки по русскому языку. В итоге папа предпринял решительный поступок — он принёс учебник русского языка, по которому я получил двойку, соевый соус и заставил меня сожрать всё это дело. И я, ещё отрок, в четвёртом классе, целый день ел и плакал». Такого от отца Ваня не ожидал. С тех пор оценки по русскому языку у него были замечательные.
В детстве жил под Малоярославцем. Затем семья переехала в г. Москву. После окончания школы поступил во ВГИК. Учился на одном курсе со многими будущими деятелями российского кинематографа: Тиграном Кеосаяном, Бахтияром Худойназаровым, Фёдором Бондарчуком, Александром Башировым, Рашидом Нугмановым и другими. На параллельном курсе на сценарном факультете в то же время учились Рената Литвинова, Роман Качанов и другие. Впоследствии со многими из них Иван продолжил начатые ещё в институте дружбу и сотрудничество.
Не доучившись, был призван в армию. После службы в ракетных войсках в Ростове-на-Дону восстановился в институте, полностью погрузился в общественную работу и был избран секретарём Союза кинематографистов СССР. В 1992 году закончил режиссёрский факультет ВГИКа (мастерская Игоря Таланкина).

Успех в 1990-е
Актёрским дебютом Охлобыстина стала картина «Нога» режиссёра Никиты Тягунова — он получил приз за лучшую роль на фестивале «Молодость-91» (снимался под псевдонимом из-за суеверных мотивов). Первый же сценарий, к фильму «Урод», снятому Романом Качановым, номинировался на престижную премию «Зелёное яблоко, золотой листок». Первая полнометражная режиссёрская работа Охлобыстина — «Арбитр» с саундтреком групп «Пикник» и «Оберманекен» — получила награду «Кинотавр» в категории «Фильмы для избранных».
Одновременно с этим Охлобыстин принимал участие в театральных постановках. 16 февраля 1996 года во МХАТе состоялась премьера спектакля по его пьесе «Злодейка, или Крик дельфина» в постановке Михаила Ефремова. В том же МХАТе был поставлен и второй спектакль Охлобыстина — «Максимилиан-столпник», в 1999 году Качанов экранизировал эту пьесу о новоявленном прорицателе и выпустил под названием «Максимилиан». В конце девяностых делал репортажи для журнала «Столица», но вскоре покинул издание, поскольку, по его словам, оно превратилось в «бордель», после этого работал в штате еженедельника «Вести».
Работа в кино в качестве сценариста продолжилась культовым фильмом «ДМБ» Качанова, где в определённой степени воплотились собственные воспоминания Охлобыстина о службе в армии. В 2001 году по его сценарию тем же режиссёром была снята ещё одна комедия «Даун Хаус».
Кроме того, он выступил автором сценария в философской драме «Мусорщик» режиссёра Георгия Шенгелии.

Настоящее время
До 2005 года отец Иоанн служил в храме святителя Николая в Заяицком, расположенном на Раушской набережной Москвы-реки. После — в храме Софии Премудрости Божией на Софийской набережной. Вёл передачу «Стая» на радиостанции «Русская служба новостей», а также колонку в мультимедийном сообществе «Сноб». В 2007 году на основе его фантастического рассказа снят двухсерийный боевик «Параграф 78».
Позже Иван Охлобыстин снова активно занялся кинематографической деятельностью. В фильме «Заговор» режиссёра Станислава Либина исполнил роль Григория Распутина. В 2008 году по его сценарию известный рок-музыкант Гарик Сукачёв снял ностальгический драматичный фильм «Дом Солнца». В 2009 году вышли сразу несколько фильмов с его участием: наиболее известны боевик «Пуля-дура» и историческая драма «Царь», где он сыграл царского шута Вассиана. С 2010 года по настоящее время снимается в комедийном телесериале «Интерны», исполняя в нём главную роль. Сам Охлобыстин объяснил своё возвращение в кино тем, что в семье не хватает денег.
26 ноября 2009 года в новостных лентах появилось сообщение о том, что Охлобыстин попросил Патриарха Московского и всея Руси Кирилла освободить его от служения из-за «внутренних противоречий». 8 февраля 2010 года Кирилл исполнил просьбу, отстранив его от священнослужения, запретил ношение священнических одежд и иерейского креста. Патриарх отметил, что если священник Иоанн Охлобыстин сделает «окончательный и однозначный выбор в пользу пастырского служения», то его временное запрещение в служении может быть снято. 29 ноября в интервью газете «Московский комсомолец» Охлобыстин заявил, что в течение ближайших двух лет намерен вновь вернуться к служению в церкви.
С декабря ведет на «Фейсбуке» блог от имени своего персонажа доктора Быкова из телесериала «Интерны», где перемежает факты собственной биографии с событиями жизни вымышленного героя. В то же время принят на должность креативного директора в компанию «Евросеть».
5 сентября 2011 года на пресс-конференции в «Интерфаксе» заявил о готовности выдвинуть свою кандидатуру на пост Президента РФ в 2012 году, однако вскоре отказался от выдвижения. В середине сентября также появилась информация о том, что он может возглавить партию «Правое дело».
С 21 января по 25 июня 2012 года вёл программу «Первый класс» на Первом канале.

1983 Обещаю быть! - Миша Стрекозин
1989 Разрушитель волн (короткометражный) - Милиционер
1989 Маркун (короткометражный) - Имя персонажа не указано
1990 Короткая игра - продавец в магазине одежды
1991 Нога - Валера Мартынов (под псевдонимом Иван Чужой)
1991 Арбитр - Андрей
1992 Над тёмной водой - сын Льва (под псевдонимом Иван Чужой)
1994 Выходец из метро - Имя персонажа не указано
1994 Хоровод - Гена Иванов
1995 Мания Жизели - Серж Лифарь (под псевдонимом Леопольд Роскошный)
1995 Приют комедиантов - Иван
1996 Мужчина для молодой женщины - режиссёр
1997 Старые песни о главном 2 (ТВ) - Образ Юрия Деточкина
1997 Кризис среднего возраста - криминальный босс, морячок
1997 Три истории - доктор
1997 Мама, не горюй - племянник Макар
1998 Кто, если не мы - патологоанатом
1999 «8 1/2 $» - режиссёр Гера Кремов
1999 Максимилиан профессор
2000 ДМБ - особист-контрразведчик
2000 Вместо меня - водила с острова
2001 Даун Хаус - Парфён Рогожин
2001 Черная комната - новелла "Гипноз" - Имя персонажа не указано
2007 Заговор - Григорий Распутин
2009 Пуля-дура (части 2 и 3) - Стас (Дзен) Уточкин
2009 Шальной ангел - Кеша, помощник Муромцевой
2009 Питерские каникулы - Иван Гнедушев
2009 Фига.Ro - Семён
2009 Царь царский - шут Вассиан
2009 Беляев - Имя персонажа не указано
2010 Москва, я люблю тебя! - отец Иоанн, доктор богословия
2010 Ирония любви - орнитолог Котелевский
2010 Псевдоним для героя - заместитель директора фирмы
2010 Дом Солнца - лектор
2010—2013 Интерны - Заведующий терапевтическим отделением Андрей Евгеньевич Быков
2010 Реальные кабаны - гонщик Максим
2010 Глухарь - Максим (эпизод в Новогодней серии)
2011 Поцелуй сквозь стену - бродяга-волшебник
2011 Служебный роман. Наше время - Григорий Трусов
2011 Generation П - Малюта
2011 Криминальные обстоятельства - Имя персонажа не указано
2011 Суперменеджер, или Мотыга судьбы - Генрих Робертович Штерн
2011 Мой парень — ангел - эпизодическая роль
2012 Чапаев Чапаев - Чапаев
2012 Метод Фрейда - Роман Фрейдин («Фрейд»)[19]
2012 Соловей-Разбойник - Севостьян Григорьевич Соловьёв (Соловей)
2012 Грач Самсонов («Доктор»)